일본의 어느 지방도시 '후유키 시'에서는 수십 년에 한 번 '성배 전쟁'이 벌어진다. 소유주의 소원을 이루어 주는 '성배'. 7명의 마술사(마스터)는 7의 서번트와 계약하여 성배를 차지하기 위한 '성배 전쟁'을 벌인다. 성배를 손에 넣을 수 있는 것은 단 한 명뿐. 그들은 최후의 1인이 되기 위해 서로를 죽여나간다. 마술을 배우기는커녕 그 재능도 보이지 못한 채 반쪽짜리 마술사로서 살아온 주인공 '에미야 시로'. 시로는 우연히 서번트 중의 하나인 세이버와 계약을 하게 되어 '성배 전쟁'에 휘말려 들게 된다.