고등학생 탐정 도일은 미란이와 놀이공원에 갔다가 악당에 의해 어린 소년이 된다.
브라운 박사는 악당에게 알려질까봐 도일을 당분간 어린 소년 코난이라고 하고 유명한의 집에 묵게 한다.
코난은 유명한 탐정을 따라다니며 유명한을 도와주게 되고 유명한은 유명 인물이 된다.
그것을 모르는 유미란은 보이지 않는 도일을 그리워하게 되고 코난은 도일이가 바쁘다고 말한다.
그러던 중 화재와 폭발 사건이 일어나 유일한이 그 건물에 갇히게 되는 일이 발생하게 된다.
하지만 코난은 건축가이자 교수가 사라진 자신 때문에 도시계획이 무산된 것에 대해 앙심을 품고 저지른 일이란 것을 알아내는데...
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